醫王山無量寿院薬王寺は、神亀3年(726年)、行基菩薩が聖武天皇の勅願を受け、この地に巡鍚し、一寺を建立された。
弘仁6年(815年)、弘法大師42歳のとき、平城上皇の勅命によって本尊厄除薬師如来を刻んで開基した阿波の国薬王寺は、四国八十八ヶ所第23番の霊場であり、厄除根本御祈願所として全国にその名を知られている。
寺号を無量寿院醫王山といわれているのは、無限の生命を伝え、医の王である意味。
また、寺名を薬王寺というのは、薬の王であることを意味している。
高野山真言宗の別格本山とされ、嵯峨上皇、淳和天皇は厄除の祈誓を願われ、土御門上皇は喜禄2年皇居として行在せられ、また後嵯峨天皇は寛元元年当山伽藍の再建をして仁助親王が落慶の法莛に入られたと伝えられている。